El coro plateresco ocupa la parte central de la catedral.Se realizó gracias al obispo Juan de Castellanos. Fue realizado por Andrés de Nájera en el 1527, quien ejecutó la magnifica silla episcopal.Siendo  Guillén de Holanda quien labró  las extraordinarias  sillas. El coro consta de dos órdenes de asientos. El alto lo forman 33 sillas y en sus respaldos hay bajorrelieves de santos y profetas. El bajo lo integran  26 sillas con respaldos de santas y vírgenes. Está realizado todo él en madera de nogal. Con gran profusión de elementos decorativos con grutescos, vegetales, etc. Los respaldos tiene labor de taracea.Y se comunican los dos coros a traves de cinco magnificas escaleras.

En el invierno de 1825 se provocó un incendio fortuito por descuido de los canónigos  en uno de los braseros que destruyo la mitad del coro siendo reconstruido por los tallista Francisco y Ulpiano Martínez de la Hidalga, naturales de Peñacerrada (Alava) con la misma maestría que lo hicieron los artistas del siglo XVI. En el trascoro y en uno de sus laterales se pueden admirar las pinturas sobre tabla de Andrés de Melgar y Alonso Gallego que representan la vida de Santo Domingo y escenas de la pasión.